下駄箱の中は湿気が溜まりやすく、カビが発生してしまうこともあります。臭いが生じることもありますが、これは靴に染みついた汗が雑菌と混ざり合って発しているので、帰ってきてすぐに靴を下駄箱の中にしまうのは控えたほうが良いでしょう。
下駄箱の中をきれいに保つ殺菌アイデアとしては、アルコールの除菌スプレーを使用します。もしカビが発生しているようであればエタノールか逆性石けんをティッシュなどにしみこませふき取ります。

靴を全部出して掃除機をかけ、換気をする、ということが基本であり、湿気をいかに取り除くかがポイントとなります。靴をすぐにしまわない、1週間に1回は下駄箱の中に風を入れ湿気を取り除く、ということを行ってみましょう。市販の除湿剤を入れておくのも良い方法です。